Kościół pw. św. Małgorzaty w Gostyniu po raz pierwszy pojawia się w źródłach w 1310 roku. Wzniesienie świątyni przypisać należy członkom rodu Łodziów. Do XVII wieku świątynia miała za patronów apostołów św. Judę Tadeusza i św. Szymona.

W latach 1418-1436 Wezenborgowie nadbudowali prezbiterium, dobudowali nawę główną, nawy boczne i wieżę. Wszystko w stylu gotyckim. Kościołowi wyznaczono także funkcje obronne. Jedna z opowieści głosi, że Górę Zamkową i kościół farny łączył podziemny tunel. Jest to prawdopodobne, gdyż siedziba właścicieli była drewniana, zaś kościół był w owym czasie istną fortecą.

Borkowie Gostyńscy herbu Gryzima dobudowali kruchtę-babiniec (1523) i skarbczyk (1526). W tym też okresie powstała kaplica św. Anny. Jej fundatorem był garncarz gostyński Makary Skoczylas. W połowie XVI wieku nadbudowano dwie ostatnie kondygnacje wieży. Nigdy nie zakończono jej hełmem, choć zapewne planowano.

Od roku 1531 wygląd zewnętrzny fary nie ulegał większym zmianom. W 1682 roku z powodu wieloletnich zaniedbań runął dach, sklepienie nawy głównej i trzy filary oraz ściana nawy południowej.

W latach 1560-1566 świątynią władali innowiercy. W 1565 roku odbył się tutaj synod różnowierców wielkopolskich, któremu przewodniczył Erazm Gliczner. W latach 1901-1906 przeprowadzono remont kapitalny świątyni. Pod nawą główną znaleziono proste trumny z czasów średniowiecza. W posadzce prezbiterium odkryto czworo drzwi prowadzących do podziemi. Trzy krypty pełne były bogato zdobionych trumien. W czwartej, maleńkiej, znajdowała się trumna w kształcie łodzi. Obecnie nie istnieje żadne wejście do podziemi.

Najstarszą częścią świątyni, zachowaną do dzisiaj, jest pochodzące z początku XIV wieku prezbiterium. Wnętrze, po nadbudowie w XV wieku, prawdopodobnie zostało otynkowane. Tym samym przykryto wcześniejsze freski, pokrywające wszystkie jego ściany. Sklepienie nawy głównej – kolebkowo-krzyżowe, wzniesiono po roku 1682. Obecna polichromia wykonana została w 1952 roku, według projektu prof. Wacława Taranczewskiego. Pozostałe sklepienia są w stylu gotyckim. Polichromia sklepienia kaplicy św. Anny zaprojektowana została w roku 1905 przez poznańskiego architekta Rogera Sławskiego. Wkomponowano w nią teksty najstarszej polskiej pieśni religijnej „Bogurodzicy” oraz modlitwy do św. Anny.

Ołtarz główny pochodzi z około 1658 roku. W nim obraz Matki Boskiej Szkaplerznej, a w nastawie obraz świętej Małgorzaty z Antiochii. W prezbiterium znajdują się stalle późnogotyckie z XVI wieku i późnorenesansowe z XVII wieku. Ambonę wykonano w XVIII wieku. Chrzcielnica zrobiona jest z drewna w stylu rokokowym. Rokokowe konfesjonały i ławki nawy głównej powstały około 1750 roku. Chór organowy w pobudowano w okresie baroku. Obecne organy zamontowano w latach 1948-1949. W kaplicy św. Anny podziwiać można barokowy ołtarz, w którym znajduje się grupa rzeźb zwanych św. Anną Samotrzecią.