Stosunkowo liczna rzesza protestantów pojawiła się w Gostyniu po roku 1887, kiedy to miasto stało się siedzibą władz powiatowych. Pojawiła się więc potrzeba wzniesienia dla nich świątyni. Budowę zboru protestanckiego pw. Chrystusa i św. Małgorzaty rozpoczęto w 1905 roku. Zlokalizowano ją przy ówczesnej ulicy Krobskiej (później 3 Maja, Marchlewskiego, Wrocławska). Po niecałym roku prace budowlane przerwano ze względu na brak środków finansowych. Wznowiono je wiosną 1907 roku, by zakończyć dwa lata później.
Powstał jednonawowy, neorenesansowy, jednonawowy kościół z wieżą oktagonalną o wysokości około 40 m, z hełmem o konstrukcji drewnianej, pokrytym blachą miedzianą. W jego wnętrzu zainstalowano dwa kolorowe witraże wykonane w Bodzewku w 1909 roku w firmie „Mattrus”. Ich fundatorami byli: Landrat dr Richard Lucke i Gertuda, jego małżonka. W budynku – nad całością nawy – przy murach zewnętrznych, zbudowano obszerny balkon, umożliwiający pomieszczenie wszystkich uczestników nabożeństwa. Po prawej stronie, u progu absydy wychodzącej w kierunku zachodnim (dokładnie przeciwnie niż w tradycji katolickiej), zainstalowano podwyższoną ambonę.
W 1919 roku, kiedy w wyniku zwycięskiego powstania wielkopolskiego zmienił się radykalnie status mniejszości niemieckiej na terenach odradzającej się z niewoli Polski, w pierwszych latach niepodległości większość Niemców opuściła Gostyń. Mimo to zbór pozostał pod zarządem luterańskim. Taki stan rzeczy utrzymywał się przez całe dwudziestolecie międzywojenne.
W czasie II wojny światowej ponownie zwiększyła się liczba wyznawców ewangelickich.
W 1945 roku świątynię przejęli katolicy. Została kościołem pomocniczym parafii farnej. Status kościoła parafialnego otrzymała w 1973 roku. Jako jej terytorium ustalono południowo-zachodnią część miasta wraz z trzema wioskami: Czachorowem (gdzie istniejącą kostnicę przebudowano i zamieniono na kaplicę filialną pw. św. Wawrzyńca), Czajkowem i Brzeziem.
22 czerwca 2014 roku abp Stanisław Gądecki, Metropolita Poznański dokonał aktu konsekracji kościoła. Patronami świątyni są Duch Święty i Najświętsze Sercu Pana Jezusa. W 1966 roku ówczesny proboszcz kościoła farnego w Gostyniu ks. Leon Misiołek przekazał do tej świątyni dzwon. Znajdują się inskrypcje:
„FELCZYNSKI CANTIFUSOR PREMYSLIENSIS A.D. 1808-1965” (tłum.: Felczyński, ludwisarz przemyski, Roku Pańskiego 1808-1965) „ULANY ZA ORDYNARIUSZA J. E. KS. ARCYBISKUPA METROPOLITY DR. ANTONIEGO BARANIAKA GOSTYŃ R.P. 1966” „DA MIHI ANIMAS CETERA TOLLE” (tłum. [zawołanie z herbu Arcybiskupa]: Daj mi duszę, resztę zabierz) „IMIĘ MOJE ANTONI” „ME FECIT JOANNIS” (tłum.: Uczynił mnie Jan). Obecnie dzwon sterowany jest automatycznie.
Świątynia posiada zegar wahadłowy z obciążeniem zamocowanym na linach stalowych z oddzieloną nastawnią o numerze seryjnym 1896, wykonany w 1908 roku w pracowni C. Weissa z Głogowa. Na jednej z desek drewnianej obudowy nastawni widnieje napis: „III Gostign”, co może oznaczać, że deski te pamiętają dawne czasy i nie były jeszcze nigdy zmieniane. Zegar ten, za pomocą drutu z zębatkami, rozprowadza wskazanie odmierzanego czasu na dwie tarcze. Kościół wyposażony jest w 17-głosowe organy z 1908 roku, o barokowym brzmieniu, z jednym miechem głównym i trakturą pneumatyczną. Instrument zbudowała firma P. B. Voelkner z Bydgoszczy.
A relatively high number of protestants appeared in Gostyń after 1887, when the town became the seat of the district authorities. Therefore, there appeared some need to build a place of worship. The construction of the protestant church of Christ and St. Margaret started in 1905 in – at that time – Krobska Street (later names: 3rd of May Street, Marchlewskiego Street, Wrocławska Street). After a year the works were stopped due to the lack of financial resources, but were resumed in the spring of 1907 and finished two years later. A one-nave neo renaissance church was built with an octagonal, 40m high tower with a wooden dome covered with copper sheet. Inside the church two coloured stained-glass windows were fixed, which had been manufactured in Bodzewko in 1909 in the company “Mattrus”. Their sponsors were: a landrat (i.e. head of the district) dr. Richard Lucke and Gertrude, his wife. Inside the building – above the whole nave – at the outside walls – a spacious balcony was built, which made it possible for all participants of the mass to be inside. On the right, at the threshold of the apse protruding towards the west (unlike in Catholic tradition), a heightened pulpit was installed. In 1919, when as a result of the successful Wielkopolska Uprising the status of the German minority changed radically on the territories of the resurrecting Polish state, in the first years of independence most Germans left Gostyń. Despite that, the church remained under the Lutheran management. That state of affairs lasted for the whole twenty-year interwar period. During World War II the number of Evangelic worshippers increased again. In 1945 the church was taken over by the Catholics. It became an auxiliary church of the parish church. It itself received the parish status in 1973, with its territory embracing the south-west part of the town and three villages: Czachorowo (where the existing mortuary was rebuilt and turned into St. Lawrence’s filial chapel), Czajkowo and Brzezie. On 22 June 2014 archbishop Stanisław Gądecki, the Metropolitan of Poznań, consecrated the church and its saint patrons became the Holy Spirit and the Holy Heart of Jesus. In 1966 the – then – parson of the parish church in Gostyń, Leon Misiołek, gave a bell to this temple, on which there are following inscriptions:
“FELCZYNSKI CANTIFUSOR PREMYSLIENSIS A.D. 1808-1965” (Felczyński, a bell-maker from Przemyśl, A.D. 1808-1965)
“MANUFACTURED DURING THE ORDINARY H.E. ARCHBISHOP METROPOLITAN DR. ANTONI BARANIAK GOSTYŃ A.D. 1966”
“DA MIHI ANIMAS CETERA TOLLE” (archbishop’s invocation – “Give me soul, take the rest”) “MY NAME IS ANTONIUS’
“ME FECIT JOANNIS” (John made me).
At present the bell is operated automatically. The church has a pendulum clock with weights fixed on steel ropes with a separate control box (serial 1896), made in 1908 in the workshop of C. Weiss from Głogów. On one of the boards of the wooden control box case there is an inscription: “III Gostign”, which may suggest that the boards are very old and have never been replaced. Thanks to the wire with ratchets, the reading of the clock is transmitted to two clock faces.
The church is equipped with 17-rank organs from 1908, of baroque tone , with one main bellow and pneumatic tracker. The instrument was manufactured by P.B. Voelkner company from Bydgoszcz.